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La Commission Gymnase-Université (CGU) organise l'ensemble de la Conférence.
La Société Suisse des Professeurs de l'Enseignement Secondaire (SSPES) et l'Association des Enseignant-e-s d'Université (AEU).
Dans chaque discipline, une équipe comprenant un-e représentant-e des écoles du degré secondaire II et un-e représentant-e des hautes écoles coordonne les travaux. L'équipe est responsable des tâches suivantes :